Se encuentra localizado en el transepto de la nave del crucero del lado de la Epístola de la iglesia.
De estilo que podría llamarse castellano conventual, aunque también renacentista, su caja fue construida anónimamente en 1620, la cual debió de albergar anteriormente otro instrumento ya desaparecido.
En lo referente al instrumento se sabe que fue construido por Fray Francisco Alexo Muñoz en 1727, según reza una inscripción sobre su secreto izquierdo.
Este órgano perteneció al antiguo convento de Santa Paula, en el que estuvo hasta el año 1980, momento en que fue trasladado a su ubicación actual de Monasterio de los Jerónimos, circunstancia en la que se aprovechó para practicarle una profunda restauración por parte del taller del organero Francisco Alonso, en 1990, ajustándose a su original construcción.
Anteriormente, según anotaciones que se observan en su interior, el instrumento tuvo diferentes intervenciones o reparaciones.
Sobre la fachada principal se disponen cinco castillos de tubos, estando divididos los dos intermedios en dos campos, siendo canónigos los que contienen los dos superiores. El castillo central es el de mayor tamaño.
La alimentación de aire se realiza a través de un sistema de ventilación eléctrica.
La consola del instrumento se dispone en ventana, es decir, unida a la caja, manteniendose su teclado original partido hecho en hueso y ébano, estando exquisitamente decoradas las teclas que corresponden a los tonos naturales.
También tiene dos rodilleras para accionamiento de dos registros, pisas para contras, así como los tiradores originales en madera de boj para selección de los diferentes registros.
La transmisión del teclado al secreto es totalmente mecánica.
Dado su excelente estado, se cuenta actualmente con este instrumento para la celebración de conciertos de música.