Este órgano, con caja exenta, se localiza en el coro alto de la iglesia del Colegio de los PP. Escolapios.
Fue construido en 1873 por Ramón Pérez Molina, posiblemente en Córdoba, siendo trasladado a esta iglesia procedente de las Escuelas Pías de Archidona entre los años 1950 y 1952, tras el cierre de dichas Escuelas.
El instrumento es llamado por los Escolapios el "Organo del Santo Padre". Esto es porque los niños del coro del antiguo Colegio de Archidona cantaban dicho himno religioso acompañados de este órgano. Curiosamente, entre estos niños, se encontraba el político Blas Infante, quien tomó la música de este himno y sustituyó la letra, convirtiéndolo en el actual himno de Andalucía.
Entre 1992 y 1993, el órgano fue reconstruido por Francisco Alonso Suarez y José Ignacio Fernández Machado, con el patrocinio de la Caja de Ahorros de Granada y los PP. Escolapios. Esta reforma hizo del órgano un instrumento de grandes posibilidades y calidad sonora. La caja, inspirada en la del órgano del convento de Sta. Catalina de Zafra, de línea renacentista, es íntegramente obra de esta reforma.
Sobre su fachada principal se distribuye su tubería vertical exterior en tres castillos. Bajo éstos se localiza la lengüetería horizontal y el teclado adosado al mueble. Dicho teclado parece proceder de otro instrumento más antiguo, con teclas en marfil y ébano.
La transmisión del teclado y los registros es mecánica.
La tubería comprende 597 tubos, aparte de los 8 tubos para contras en madera que se situan en el exterior de la parte trasera del mueble.
La trompetería horizontal está dispuesta en forma de Ave María a dos filas.
El arca de viento es alimentado por el aire que proporciona una bomba eléctrica.
Sus condiciones de funcionamiento son muy buenas, fruto de la acertada reconstrucción que tuvo, la cual fue realizada sobre la gran mayoría de los elementos que componen el instrumento.