Se sitúa en una tribuna, sobre el coro, en el lado del Evangelio de la iglesia. Es de estilo barroco, habiendo sido construido por Guillermo D'Enoyer en 1795.
Cabe destacar la intervención de Aquiles Ghys sobre el instrumento en el año 1885 en la que le incorpora un segundo órgano expresivo de sonoridad romántica. Paralelamente a esta intervención, M. Rivero recompondría su sistema de fuelles. Pero su actual estado se debe a la restauración realizada por el organero granadino Francisco Alonso en 1987 con el mecenazgo de la Caja General de Ahorros de Granada.
Su caja, de estilo neoclásico, solo tiene su fachada frontal con tubería vista, careciendo de fachadas laterales, aunque sí posee una contrafachada que da a la estancia trasera donde se localiza el sistema de fuelles. Esta contrafachada dispone de diversas puertas que permiten el acceso al interior de la caja.
La fachada principal de la que hablábamos se compone de tres castillos del tipo torreón que corresponden al registro de Flautado de 13ª y, bajo estos, la trompetería horizontal dispuesta en dos abanicos para el registro de Trompeta.
La caja tiene una rica decoración, en la que se incluyen los retratos de Carlos III sobre la consola, así como los de Dña. Luisa, princesa de Asturias, en el lateral derecho, y de Carlos Antonio, príncipe de Asturias, en el lateral izquierdo.
A un nivel inferior de la trompetería mencionada se disponen unas tapas de madera que permiten el acceso al arca de viento.
Por debajo, la consola en ventana con dos manuales, el superior para el órgano Mayor y el inferior para el Expresivo. Ambos teclados tienen su origen en la composición efectuada por Aquiles Ghys sobre el instrumento, aunque sus reducciones son las originales de cada uno de los dos órganos.
A ambos lados de los teclados se ubican sendas hileras de tiradores de registros, disponiendo de un tirador para trémolo que actúa sobre el órgano Expresivo. En el suelo, un grupo de pisas para contras distribuido cromáticamente, así como un pedal de expresión del órgano Romántico Expresivo.
Tanto la transmisión del teclado como la de los registros son mecánicas.
En cuanto a la tubería interior, la correpondiente al órgano principal, que es el más antiguo, se dispone en el nivel superior de la caja, mientras que la correspondiente al órgano Romántico añadido por Ghys, se recoge en dos cajas expresivas a ambos lados y en un nivel inferior.
Actualmente, el instrumento es alimentado por un depósito, el cual es insuflado por una motobomba. Se conserva un antiguo fuelle, además de otro más complejo que se encuentra instalado sobre un gran bastidor. Este fuelle, curiosamente, conserva un manómetro indicador de la presión del aire.
Hay que indicar que el instrumento se encuentra operativo, siendo utilizado en diferentes celebraciones litúrgicas.
Algo muy interesante dentro del aspecto ornamental dentro de la iglesia, y en relación con este órgano, es la existencia de una copia de dicho órgano justamente enfrente del mismo, en el lado de la Epístola de la iglesia, y también sobre el coro. Este instrumento es solo decorativo, careciendo de cualquier mecanismo sonoro.