El órgano se localiza en el coro alto del convento, al pie de la iglesia, centrado en el fondo de dicho coro y en posición exenta.
Se trata de un instrumento romántico realizado por Pedro Ghys Guillemín en 1925, aprovechando una interesante caja barroca de un órgano anterior del s. XVIII.
Fue intervenido por Jesús Dougnac Moreno en 1967.
Hablando brevemente sobre el original órgano barroco podríamos decir que solo se mantiene su caja, de autor anónimo, y la tubería de su fachada frontal, la cual se compone de cinco castillos, de ellos los impares del tipo torreón y, planos, de doble campo los intermedios. En su momento todos estos tubos fueron sonoros, a excepción de los campos superiores de los castillos intermedios. Toda esta cañería quedó inutilizada y en la actualidad se mantiene como detalle ornamental únicamente. También poseyó una trompetería horizontal que se componía, al menos, de un abanico a una fila bajo cada uno de los torreones. La consola también fue en ventana. Este antiguo instrumento dataría de 1738 y se le podría atribuir a los hermanos José y Pedro Furriel.
Una vez centrados en el nuevo órgano, debemos decir que proviene de la Capilla Real de Granada y que fue rehabilitado, habiéndose sustituido todos sus elementos mecánicos y sonoros en su totalidad, aprovechándose para dotarlo de la sonoridad romántica imperante en el momento.
La consola se encuentra separada del mueble, dando el organista la espalda al mismo, compuesto de un teclado y un pedalier paralelo.
La transmisión del teclado es del tipo balancín y su secreto de accionamiento neumático.
El fuelle se halla en el interior y está alimentado por una motobomba.
Se accede al interior a través de diversas puertas en su frontal, laterales y contrafachada.
El estado es bastante aceptable, aunque dado que el convento se encuentra cerrado por la marcha de la comunidad religiosa que albergaba, obviamente se encuentra en desuso.